Запустить программу Portecle (при необходимости скачать). С правами администратора!!! Иначе не будет права сохранить данные в контейнере!
Важно!
Для того, чтобы обновить сертификат в хранилище JVM, в первую очередь, надо не ошибиться с расположением этого хранилища.
Вам необходимо перейти в JIRA - System - System Info secure/admin/ViewSystemInfo.jspa
И найти там параметр: java.library.path у которого найти свойство, где исполнительная директория вашей JVM
Это означает, что именно в этом каталоге будет находиться используемый контейнер сертификатов и нигде иначе. Потому как cacerts у вас может-быть в разных местах, в т.ч. в подкаталогах установленной JIRA. Но используется именно тот, где работает JVM.